传统的农家肥也就是牲畜粪便堆肥，都是要添加秸秆的。这是因为粪便含水量太大，难以发酵，只有添加了秸秆、稻草之类的低含水量的辅料，降低到40左右的水分才会开始进行发酵，这是因为有益菌的生理活动造成的。而现代的畜禽粪便发酵有机肥技术可以通过添加菌种、发酵、粉碎、造粒等各个环节来解决在制作有机肥过程中出现的各种问题。

　　1、臭味：这就要从臭味的来源说起。在发酵中为了节省用地面积，都是选择堆垛制肥，但是堆肥发酵过程是好氧发酵，堆体内部因为堆垛本身重力问题，会不停向下挤压，从而导致孔隙度变小，再加上发酵导致堆体内氧气不断减少，堆体内部就会发生厌氧发酵。由于的厌氧发酵，堆体内部空气不流通，这也就是为什传统堆肥中只要一翻堆就臭气冲天的原因。粪便本身也含有大量的病菌、虫卵和寄生虫，也会造成臭源。解决办法：添加菌种，除臭、杀菌、促进发酵开始的起始温度。为了促进氧气进入堆体内部，很多粪便堆量较大的养殖场或者有机肥厂，借助程翔重工槽式翻抛机或行走式翻堆机，在温度达到50℃以上时开始进行翻堆，夏季1天翻堆一次(冬：2~3天)。

　　2、后期发霉、长毛：这是因为粪便发酵腐熟不合格。一般发酵过程分为两个阶段：a、高温阶段(50~70℃)，打破细胞膜，将粪便变成有机质，这个过程需要7~10天，但需要注意的是此时的有机质是高分子物质；b、中低温阶段(30~45℃)，将高分子物质降解为小分子，此时的小分子才是真正意义上的有机肥。

　　3、不同粪便要有不同的处理方法：鸡粪：粪尿一起排出，还占有大量的鸡毛，而鸡毛有一定的角质层组织，要经过很长一段时间的腐熟分解才能做成有机肥，与粪便分解速度相差很远。所以在做有机肥时候要用滚筒筛分机将鸡毛筛分出来。牛粪含水量很大，由于粪便中的特殊物质在后期会返潮，所以在后期必须烘干。